在纽约出现了一只神秘的数码兽，他利用自己特殊的力量将太一、阿和、阿空、光子郎、美美、阿丈带到了一个陌生的世界。同时，在纽约的八神光和高石武发现了这只数码兽，并且看到一个美国小孩与数码兽对话之后逃走的情况。巴达兽悄悄地尾随其后，得知这个小孩要去一个叫“花场”的地方寻找“夏天的回忆”。大家赶至那里。

　　在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。　　数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一

因为工作的缘故，光月未梦（名冢佳织 配音）的父亲和母亲要远赴美国，两人将未梦托付给了西园寺家，在那里，未梦结识了西园寺家的儿子西园寺彷徨（三瓶由布子 配音）。之后，彷徨的父亲又因故外出，留下未梦和彷徨看家，就这样，两人开始了朝夕相处的生活。一次偶然中，一个来自外星的小宝宝路路（金井美香 配音）降临到

一晃眼，上一次的“黄昏事件”已经过去四年了，风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟（皆川纯子 配音）想都没想就进入了游戏之中，而玲奈（中原麻衣 配音）亦尾随其后，一同和他们进入游戏的，还有米蕾尤（松冈由贵 配音）。不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪，在他和玲奈的面前